Facturation électronique des professions de santé : pourquoi l’exonération de TVA ne vous exclut pas du dispositif
Vous êtes kinésithérapeute, médecin généraliste, infirmier libéral ou psychologue. Vous n’avez jamais facturé un centime de TVA de votre vie. Logiquement, vous en avez conclu que la réforme de la facturation électronique ne vous concernait pas.
C’est l’erreur de lecture la plus répandue chez les professionnels de santé.
Car le déclencheur de l’obligation n’est pas le fait de collecter de la TVA. C’est le simple fait d’être assujetti. Or un professionnel de santé exerce une activité économique indépendante à titre onéreux : il est assujetti, sans exception possible, même lorsque la totalité de ses actes est exonérée.
La conséquence est directe. Dès le 1er septembre 2026, tout professionnel de santé doit passer par une plateforme agréée pour recevoir ses factures électroniques. L’obligation d’en émettre, elle, ne vise que ceux qui réalisent des opérations taxées, et seulement à compter du 1er septembre 2027.
Voici, point par point, ce que recouvrent ces deux échéances, quels actes basculent dans le champ de la TVA, et ce que vous devez vérifier avant l’été prochain.
Et si vous préférez garder l’essentiel sous la main, une fiche de synthèse « Le point sur… » est disponible en fin d’article : dates clés, actes exonérés, actes taxés et seuils, réunis sur un document à consulter ou à transmettre à votre cabinet comptable.
Facturation électronique : les deux dates qui concernent les professions de santé
La réforme est scindée en deux obligations distinctes. Les confondre revient à manquer la première échéance.
L’obligation de réception : 1er septembre 2026
Elle s’impose à tous les assujettis, sans distinction. Peu importe que vous soyez exonéré sur l’intégralité de votre activité. Vous devez être en mesure d’accepter et de recevoir les factures électroniques envoyées par vos fournisseurs.
Concrètement, cela suppose de désigner une plateforme agréée, souvent abrégée en PA. Il s’agit d’un opérateur privé immatriculé par l’administration, par lequel transitent obligatoirement les factures entre entreprises.
L’obligation d’émission : 2026 ou 2027 selon la taille
Le calendrier diffère ici selon le profil de l’entreprise :
- 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les ETI.
- 1er septembre 2027 pour tous les autres assujettis, dont les professionnels de santé.
Autrement dit, un praticien qui réalise des opérations taxées devra transmettre ses factures de vente via une plateforme agréée à partir de septembre 2027. Mais il devra déjà savoir en recevoir un an plus tôt.
Néanmoins, une précision ici. Ces éléments s’appuient sur l’état du droit connu en juillet 2026. Le calendrier de cette réforme a déjà été aménagé par le passé, et les modalités pratiques continuent de se préciser. Un point avec votre expert-comptable reste indispensable avant toute décision.
Reste une question de fond. Pourquoi un praticien dont chaque acte est exonéré se retrouve-t-il malgré tout dans le périmètre du dispositif ?
Assujetti mais non redevable : la distinction qui explique tout
Toute la réforme tient dans deux mots que le langage courant confond, alors que le droit fiscal les sépare rigoureusement.
Un assujetti est une entité qui exerce une ou plusieurs activités économiques de manière indépendante. Un redevable est celui qui reverse à l’État la TVA qu’il a préalablement collectée avec son chiffre d’affaires. On peut donc être assujetti sans être redevable, lorsque la totalité des opérations est exonérée.
Le professionnel de santé coche la première case sans discussion. Il exerce une activité libérale, de manière indépendante, à titre onéreux. Il est assujetti. Ce statut ne dépend en rien du régime appliqué à ses actes.
Rappel : comment fonctionne la TVA en trois temps
Pour saisir la mécanique, un détour rapide s’impose. La TVA, créée au milieu du 20e siècle, repose sur trois étapes successives :
- Les opérations d’un assujetti entrent dans le champ d’application de la TVA.
- Le redevable, en général le vendeur, collecte la TVA pour le compte de l’État. Certaines opérations peuvent être exonérées, ce qui est précisément le cas des actes thérapeutiques.
- Le redevable ne reverse à l’État que la différence entre la TVA collectée et celle ayant grevé ses achats.
De cette troisième étape découle une règle absolue : sans collecte de TVA, il n’existe aucun droit à déduction.
Une opération est dite onéreuse lorsque trois conditions cumulatives sont réunies : le fournisseur procure un avantage individualisable au destinataire, il obtient en retour une contrevaleur appréciable en argent, et il existe un lien direct entre l’avantage procuré et cette contrevaleur.
Non redevable ou redevable partiel : deux situations à distinguer
Le professionnel de santé se range dans l’une des deux catégories suivantes :
- Non redevable s’il ne réalise que des opérations exonérées, il ne peut pas déduire la TVA ayant grevé ses achats.
- Redevable partiel s’il combine opérations exonérées et opérations taxées.
Dans les deux cas, il reste assujetti. Et c’est cette qualité, et elle seule, qui déclenche l’obligation de réception des factures électroniques.
Encore faut-il savoir où passe exactement la frontière entre acte exonéré et acte taxé.
Quels actes de santé sont exonérés de TVA : les articles L. 213-95 à L. 213-101 du CIBS
Le législateur encadre l’exonération de façon très stricte. Elle est réservée :
- Aux actes ayant une finalité thérapeutique, ou intrinsèquement liés à celle-ci, comme le transport sanitaire.
- À un nombre limité d’acteurs de la santé publique.
Attention à un changement de référence qui piège encore beaucoup de contenus en ligne. Ces exonérations étaient codifiées au 4 de l’article 261 du CGI. Elles figurent désormais aux articles L. 213-95 à L. 213-101 du CIBS, à compter du 1er septembre 2026. Si vous consultez une source antérieure, elle renvoie à un texte qui n’est plus le bon.
| Article CIBS | Contenu de l’exonération |
|---|---|
| L. 213-95 | Soins ayant une finalité thérapeutique : diagnostiquer, soigner, guérir, protéger, maintenir ou rétablir la santé d’une personne physique |
| L. 213-96 | Soins dispensés en établissements de santé autorisés (L. 6122-1 CSP), établissements pour personnes âgées (L. 312-1 CASF), examens de biologie médicale en laboratoire agréé |
| L. 213-97 | Opérations annexes réalisées par ces établissements, si elles constituent une étape nécessaire dans le processus de délivrance des soins et sont non rémunératrices |
| L. 213-98 | Soins thérapeutiques réalisés par les membres d’une profession régie par la 4e partie du CSP, les ostéopathes, chiropracteurs, psychologues, psychothérapeutes, ou les titulaires d’un diplôme ouvrant accès à la fonction publique hospitalière en qualité de psychologue |
| L. 213-99 | Organes, sang et lait humains directement employés pour dispenser des soins thérapeutiques |
| L. 213-100 | Prothèses dentaires fournies par un dentiste ou un prothésiste, et services de conception ou de fabrication de prothèses dentaires |
| L. 213-101 | Transport sanitaire (L. 6312-1 CSP), si le véhicule est spécifiquement conçu ou transformé pour le transport de personnes malades ou blessées et si l’exécutant est agréé (L. 6312-2 CSP) |
Un sigle mérite d’être explicité : le CSP désigne le Code de la santé publique, le CASF le Code de l’action sociale et des familles, et le CIBS le nouveau code qui reprend les dispositions relatives aux impositions sur les biens et services.
Ce tableau couvre le cœur de l’activité. Mais un cabinet ne se limite jamais tout à fait à ses actes de soin.
Les activités d’un professionnel de santé soumises à la TVA
La règle est posée sans ambiguïté : un professionnel de santé qui réalise des opérations sans finalité thérapeutique entre dans le champ d’application de la TVA.
La doctrine administrative, référencée sous le numéro BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10, détaille plusieurs situations de taxation. Elles méritent d’être lues attentivement, car certaines concernent des activités très courantes.
| Situation | Régime TVA applicable |
|---|---|
| Actes sans finalité thérapeutique | L’exonération repose exclusivement sur la finalité thérapeutique du soin. Les soins purement esthétiques, hors parcours de soin, sont soumis à la TVA. |
| Médecins propharmaciens autorisés par l’ARS à délivrer des médicaments | Les ventes de médicaments sont soumises à la TVA. |
| Médecins-experts | Les expertises médicales sont soumises à la TVA. L’activité de médecin conseil auprès des assurances l’est également. |
| Médecins-conseils de laboratoires pharmaceutiques ou d’entreprises | L’activité de conseil n’est pas un acte thérapeutique : elle est soumise à la TVA. |
| Redevances de contrat de collaboration | La redevance versée au propriétaire du cabinet, contrepartie de la location de locaux aménagés, est soumise à la TVA. En revanche, les honoraires du collaborateur pour ses actes de santé restent exonérés. |
| Formations dispensées à d’autres professionnels | Les formations suivent leur propre régime de TVA. Elles sont taxées, sauf si elles relèvent du dispositif d’exonération spécifique à la formation professionnelle (art. L. 213-24 du CIBS). |
Une ligne mérite qu’on s’y arrête : celle du contrat de collaboration. Deux régimes fiscaux coexistent alors au sein d’une même relation professionnelle. Le titulaire facture une redevance taxable, pendant que le collaborateur encaisse des honoraires exonérés.
Vous réalisez quelques milliers d’euros d’actes taxables par an. Faut-il pour autant facturer de la TVA à vos clients ?
Le régime de l’entité franchisée : le seuil de 37 500 € pour les activités taxables
Pas nécessairement. Le régime de l’entité franchisée, anciennement appelé franchise en base, offre une porte de sortie aux praticiens dont l’activité taxable reste marginale.
Un professionnel de santé peut bénéficier du régime de l’entité franchisée tant que le chiffre d’affaires tiré de ses activités taxables ne dépasse pas 37 500 € par an pour les prestations de services.
Ce seuil vise directement le médecin expert, le médecin-conseil ou le praticien réalisant des actes sans finalité thérapeutique.
Les conditions de fond
- En deçà du seuil : la TVA n’est ni collectée, ni déduite.
- Au-delà du seuil : le professionnel devient pleinement redevable. Il doit alors déclarer et reverser la TVA collectée.
Les conditions de forme
- Une inscription préalable auprès du Service des Impôts des Entreprises (SIE).
- Une mention obligatoire sur chaque facture émise : « TVA non applicable – Art. L. 223-3 et suivants du CIBS ».
Ne confondez pas ce régime avec l’exonération thérapeutique. Ce sont deux mécanismes indépendants, qui répondent à des logiques différentes. L’exonération tient à la nature de l’acte, la franchise tient au volume d’activité.
Une fois votre situation clarifiée, il reste à comprendre comment tout cela se traduit dans les circuits techniques de la réforme.
E-invoicing et e-reporting : deux circuits à ne pas confondre
Le dispositif distingue d’abord ce qui entre dans le champ de ce qui n’y entre pas. Les opérations hors du champ, visées par les articles L. 213-78 et suivants du CIBS (anciennement articles 261 à 261 E du CGI), ne sont pas concernées par le dispositif d’émission.
Pour les opérations situées dans le champ, deux circuits parallèles s’appliquent.
L’e-invoicing désigne les factures électroniques proprement dites. Il couvre les opérations soumises à la TVA entre assujettis français.
L’e-reporting désigne la transmission de données au PPF, le portail public de facturation, lui-même relié à la DGFiP. Il couvre :
- Les paiements entre assujettis et non-assujettis, c’est-à-dire le BtoC.
- Les encaissements pour la TVA à l’encaissement.
- Les opérations entre assujettis français et étrangers.
- Les livraisons intracommunautaires.
- Les exportations.
- Les acquisitions intracommunautaires.
E-invoicing : recevoir dès 2026, émettre à partir de 2027
Prenons le cas le plus courant, celui d’un praticien n’effectuant que des opérations exonérées.
Côté réception, il est assujetti. Il doit donc désigner une plateforme agréée pour accepter et recevoir les factures électroniques envoyées par ses fournisseurs, dès le 1er septembre 2026. Aucune condition supplémentaire n’est requise.
Côté émission, la logique change. Dès lors qu’il réalise des opérations imposées à la TVA avec un autre assujetti, notamment des actes sans finalité thérapeutique ou des redevances de contrat de collaboration, il devra envoyer ses factures de vente par le biais d’une plateforme agréée à compter du 1er septembre 2027.
Le circuit technique se déroule ainsi : la plateforme émettrice transmet la facture, un contrôle de conformité s’opère, les données remontent au PPF puis à la DGFiP, l’identification des parties s’appuyant sur un annuaire national.
E-reporting : quelles données transmettre et à quel rythme
Pour ses actes taxables à la TVA, et s’il n’a pas opté pour les débits, le professionnel de santé doit transmettre à la DGFiP ses données de paiement ainsi que ses données de transaction.
Deux exemples concrets illustrent les flux concernés :
- L’autoliquidation lors de l’achat d’un bien à l’étranger, par exemple au Royaume-Uni.
- Les encaissements correspondant à des prestations de médecin conseil ou à des redevances de contrat de collaboration.
Bonne nouvelle sur le plan pratique : contrairement à l’e-invoicing, le recours à une plateforme agréée reste optionnel pour l’e-reporting.
| Régime de l’entreprise | Données de transaction : fréquence | Données de transaction : délai | Données de paiement |
|---|---|---|---|
| Réel normal mensuel | Par décade, trois dépôts par mois (du 1 au 10, du 11 au 20, du 21 à la fin du mois) | 10 jours après la fin de la période : le 20, le 30, puis le 10 du mois suivant | Mensuelle, avant le 10 du mois suivant |
| Réel normal trimestriel (sur option) | Mensuelle | Avant le 10 du mois suivant | Mensuelle, avant le 10 du mois suivant |
| Régime simplifié d’imposition TVA | Mensuelle | Au plus tard entre le 25 et le 30 du mois suivant | Mensuelle, au plus tard entre le 25 et le 30 du mois suivant |
| Entité franchisée (ex-franchise en base) | Bimestrielle | Au plus tard entre le 25 et le 30 du mois suivant la fin de la période | Bimestrielle, au plus tard entre le 25 et le 30 du mois suivant la fin de la période |
Pour la majorité des praticiens concernés, c’est la dernière ligne qui s’applique : un dépôt tous les deux mois, ce qui reste largement gérable.
Il subsiste toutefois un cas particulier, rarement anticipé, qui prend de court les praticiens totalement exonérés.
Autoliquidation : le cas où un praticien exonéré doit collecter de la TVA
La situation paraît contradictoire, elle ne l’est pas.
En cas d’autoliquidation, notamment lors d’importations, le professionnel de santé exonéré devra collecter de la TVA d’un montant identique à celui qu’aurait dû collecter son fournisseur français. Et il ne pourra pas la déduire.
Revenons au principe posé plus haut : sans collecte de TVA sur son activité, aucun droit à déduction ne s’ouvre. L’autoliquidation ne crée pas ce droit, elle transfère simplement la charge de la collecte de l’amont vers l’aval.
L’implication pratique est financière. Pour un praticien exonéré, l’achat de matériel hors de France coûte réellement plus cher, puisque la TVA autoliquidée reste définitivement à sa charge. Un point à intégrer avant tout arbitrage sur un fournisseur étranger.
Les modalités déclaratives détaillées de l’autoliquidation dépassent le cadre de cet article et relèvent d’un examen avec votre conseil.
Ce qu’il faut retenir avant septembre 2026
La réforme de la facturation électronique produit un effet inattendu chez les professionnels de santé. Elle révèle une qualité fiscale que beaucoup ignoraient posséder : celle d’assujetti.
L’exonération n’a jamais porté sur le statut. Elle porte sur les actes, et uniquement sur ceux qui poursuivent une finalité thérapeutique. Tout le reste, expertises, conseil, formations, redevances de collaboration, ventes de médicaments, relève du droit commun.
Retenez la ligne de partage suivante :
- Le 1er septembre 2026 ne se discute pas. L’obligation de réception s’impose à tous, quelle que soit la nature de vos actes.
- Le 1er septembre 2027 se prépare. L’obligation d’émission dépend de la réalité de votre activité taxable, qui mérite un examen au cas par cas.
Reconnaissons-le franchement : la qualification d’un acte comme thérapeutique ou non n’est pas toujours évidente. Les tableaux de la doctrine administrative couvrent les situations les plus fréquentes, pas toutes. C’est précisément là qu’un regard extérieur fait la différence.
Deux actions à engager dès maintenant : faites examiner la nature exacte de vos actes avec votre expert-comptable, puis choisissez votre plateforme agréée (cliquez pour accéder à l’auto-diagnostic).
Accédez à la synthèse juste ici :
